Вопрос решён
за комментируйте //$doc->addHeadLink($link, 'canonical'); в стандартном плагине SEF
plugins/system/sef/sef.php
строчка 50 сделаnm так : /** $doc->addHeadLink($link, 'canonical'); */
тут помогли http://joomlaforum.ru/index.php/topic,236921.msg1279422.html#msg1279422
